A casa que abriga o Museu Casa da Memória foi construída em 1962 na comunidade de Linha Pegoraro, seus proprietários eram Antônio Pegoraro e Olinda Pegoraro. Uma casa típica italiana, que foi adquirida pela prefeitura no ano de 2000, do filho Domingos que era o atual proprietário. Ainda em 2000, o então Prefeito Adilson Zeni, cria por decreto o Museu Casa da Memória de Águas de Chapecó, já em 2010, a Administração inicia os trametes para reabertura da Casa da Memória, inicialmente vinculando a mesma ao Sistema Estadual de Museus de Santa Catarina. Em 2011, é criado o conselho de acervo e em parceria com o Consorcio Foz Do Chapecó e a Universidade Federal de Santa Catarina, é ministrado aos conselheiros um curso de formação em museologia, a fim de melhorar a administração e organização do museu.